Udgravning, dokumentation og bevaring på fundstedet
Udgravning
Skovl og spade kan ikke anvendes til arkæologiske udgravninger under vand, fordi havbunden bliver hvirvlet op, så marinarkæologerne ikke kan se, hvad de laver eller finder.
Aflejringer, der dækker fundet bliver fortrinsvis viftet bort med hånden og derefter fjernet helt med et "sugerør".
Der findes to forskellige slags sug. Det vanddrevne ejektorsug bruges på vanddybder under 10 m, og det er derfor det hyppigst anvendte sug i de danske farvande.
Den luftdrevne airlift fungerer bedst på større dybder.
Dokumentation på fundstedet
Marinarkæologerne bruger både digitale metoder og helt almindelige redskaber, som målebånd og tommestokke, vandfaste blyanter, vandfast tegnefolie og tegneplader, når de undersøget et arkæologisk fundsted under vandet.
Når fundområdet er beskrevet, tegnet og fotograferet, tages genstandene forsigtigt op og pakkes til transport.
Bopladsfund bliver nummereret efter optagning, mens vragdele nummereres, før de tages op.
De fleste genstande skal holdes våde. Organiske materialer, som træ, nøddeskaller, ben eller hjortetak rissikerer at tørre ud og blive ødelagt i en sådan grad, at man måske end ikke kan se, hvad genstanden engang har været.
Andre materialer kan ødelægges af salte, der trænger ud af genstanden, når den forlader havvandet og opbevares derfor fugtigt indtil konservering.
Sikring på stedet - In situ bevaring
Skibsvrag og bopladser, der ikke er truede af moderne anlægsarbejde, udgraves normalt ikke.
For at bevare dem for eftertiden, må fundene nogle gange beskyttes på stedet - 'in situ', som 'på stedet' hedder på latin. Fundet kan dækkes med presenninger og sandsække eller fuldt tildækkes med sand eller andet naturligt materiale. Stedet skal tilses med jævne mellemrum for at forhindre ødelæggelser.
Hvorfor er det ikke alle skibsvrag, der kommer på museum?
Konservering af skibsvrag er en langsommelig og bekostelig affære, og derfor er det ikke alle skibsvtag, der bliver konserveret og udstillet.
I nogle tilfælde bliver skibsdelene opbevaret i undersøiske depote, når arkæologerne har undersøgt alle delene.
Mange skibsfund bliver i dag dokumenteret med 3D-fotogrammetri. Det er en metode, der er baseret på, at man tager en masse overlappende fotos af gentanden, hvorefter et computerprogram ved sammenligning af billederne kan genskabe hver enkelt pixels rumlige placering med stor nøjagtighed.
Den digitale 3D model erstatter reelt den fysiske genstand, hvilket betyer, at genstanden i princippet kan kasseres, da alle detaljer er bevaret for eftertiden i 3D-modellen.
Ofte vælger arkæologerne dog at genbegrave genstandene, hvis de ikke skal konserveres eller udstilles. Ved genbegravning, lægger man skibstømmeret på et beskyttet sted på havbunden, godt beskyttet af sand.